分子量の大きな物質が脂質二重層を...

①のほうの理解で大丈夫です。

疑問に思ってらっしゃる「分子量が大きい＝サイズが大きいといえるか」の部分ですが、分子のサイズは大体、それを構成する原子のサイズ×個数で求まります。生体内の物質を構成する分子は主にC、H、O、Nによってできています。

H以外の原子量は似たり寄ったりですから、例えば、原子量300といわれたら「なるほど、大体CON合わせて20個くらい、それにHが20個くらいくっついてるのか」と想像できます。そしてCONが20個、それにHが20個となると、大きさがおおよそ想像できます。

このとき、分子の形は球を想定して間違いありません。ひも状になって細長いDNAやRNAなども、通常、毛糸玉みたいに丸まっているので、球状のものだと思ってよいでしょう。

ながなが書きましたがつまり、生体内であれば、使われる元素がある程度決まっているため「分子量が大きい＝サイズが大きい」はほぼ正しい。そして、サイズが大きいから脂質二重層を通りづらい。という考えで大丈夫です。

もちろん、極性があったりしたら話は違ってきますけど。